מסכות רפואיות חד פעמיות משמשות בעיקר להגנה על בידוד טיפות. לשכבה החיצונית יש אפקט חוסם מים למניעת כניסת טיפות למסכה וכניסתה הפנימית שלה; לשכבה האמצעית יש אפקט סינון, עם יעילות סינון של מעל או שווה ל-90%, והשכבה הפנימית ליד הפה והאף משמשת לספיגת לחות. עם זאת, יעילות הסינון של מסכות רפואיות חד פעמיות לחלקיקים מוגבלת, והן מעוצבות לרוב בצורות מלבניות, שאינן מתאימות לפנים כמו מסכות מגן רפואיות.
מסכות רפואיות חד פעמיות אינן מומלצות לשימוש ממושך. אם אתה חובש מסיכה לאורך זמן, היא תהפוך את רירית האף לשבירה ותאבד את התפקוד הפיזיולוגי המקורי של חלל האף, ולכן עדיף לא ללבוש מסכות חד פעמיות רפואיות במשך זמן רב. מסכות מתאימות יותר לשימוש בסביבות מיוחדות, כגון אזורים צפופים ומאווררים גרוע.
לכן, בדרך כלל מומלץ להשתמש במסכות חד פעמיות רפואיות לא יותר מ-4 שעות, ורצוי להחליף אותן כל 2-4 שעות. הסיבה לכך היא ששימוש ממושך במסכות חד פעמיות רפואיות עלול לגרום לחסימת חלקיקים גדולים על פני המסכה או לחלקיקים עדינים לחסימת הפערים בחומר המסנן, וכתוצאה מכך לירידה ביעילות הסינון ולעלייה בעמידות הנשימה.
ואם משתמשים במסכות חד פעמיות זמן רב מדי, פני המסכה יעבו גם ערפל מים, ירטיב את פני המסכה, והאפקט המגן של המסכה יאבד בעצם. כך שאם המסכה כבר לא יוצרת אטימה יעילה על הפנים, הופכת רטובה או מלוכלכת בעליל, מקשה על הנשימה, ומזוהמת בדם, בהפרשות נשימה או באף, או בנוזלי גוף אחרים של המטופל, יש להשליך אותה.
יש לציין שלא מומלץ לנקות מסכות חד פעמיות רפואיות. אם נשתמש בהרתחה של מים, ריסוס אלכוהול או חיטוי מנורות אולטרה סגול כדי לחטא את המסכות המשומשות, תיאורטית זה יכול לחסל חיידקים ווירוסים הנדבקים למסכות. עם זאת, רתיחה של מים בטמפרטורה גבוהה וריסוס אלכוהול עלולים לפגוע בסיבים של הבד הלא ארוג המומס, וכתוצאה מכך לירידה בפונקציונליות של המסכות.